• Заместитель директора по стратегическому развитию медицинской деятельности;
• Заместитель директора по работе с филиалами;
• Главный врач;
• Заместитель директора по научной работе и образовательной деятельности;
• Заместитель директора по общим вопросам;
• Заместитель директора по безопасности;
• Начальник отдела внутреннего финансового контроля.

• Научно-исследовательское управление:

• Научно-организационный отдел
• Отдел международных связей и общественной деятельности
• Отдел физиотерапии и рефлексотерапии
• Отдел ортопедии, биомеханики, кинезитерапии и мануальной терапии
• Отдел соматической реабилитации, репродуктивного здоровья и активного долголетия
• Отдел нейрореабилитации и клинической психологии
• Отдел биомедицинских технологий
• Лаборатория клеточных технологий
• Отдел изучения механизмов действия физических факторов
• Научно-исследовательский отдел

• Образовательный центр:

• Учебно-методический отдел
• Библиотека
• Кафедра восстановительной медицины, физической терапии и медицинской реабилитации
• Кафедра организации здравоохранения и санаторно-курортного дела
• Аккредитационно-симуляционный центр

• Диссертационный совет;
• Научно-методический совет.

• Управление по стратегическому развитию медицинской деятельности;
• Центр организации медицинской помощи:

• Отдел организации медицинской помощи
• Информационно-аналитический отдел
• Отдел телемедицинских технологий
• Отдел анализа лекарственного обеспечения и обращения медицинских изделий
• Отдел контроля качества медицинской деятельности и маркетинга

• Центр организации курортного дела:

• Отдел мониторинга, анализа и стратегического развития санаторно-курортного дела
• Отдел проектной деятельности и организационно-методологического обеспечения

• Центр испытаний и экспертизы природных лечебных ресурсов:

• Отдел испытаний природных лечебных ресурсов
• Отдел экспертизы природных лечебных ресурсов и факторов

• Лечебно-реабилитационный клинический центр "Юдино" - филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России;
• Санаторно-курортный комплекс "Вулан" - научно-клинический филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России.

• Санаторий "Горный воздух" - научно-клинический филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России;
• Санаторий "Кавказ" – научно-клинический филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России;
• Санаторий имени И.М. Сеченова - научно-клинический филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России;
• Санаторий "Россия" - научно-клинический филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России;
• Лечебно-реабилитационный клинический центр "Курортная больница" - филиал ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России.

• Научно-клинический центр ФГБУ "НМИЦ РК" Минздрава России:

• Общеклинический медицинский персонал
• Регистратура
• Приемное отделение
• Отделение медицинской реабилитации пациентов с нарушением функции ЦНС
• Отделение медицинской реабилитации взрослых с нарушением функции ПНС И КМС
• Отделение медицинской реаб. взрослых для пациентов с соматич. забол. № 1
• Отделение медицинской реаб. взрослых для пациентов с соматич. забол. № 2
• Отделение медицинской реабилитации
• Диагностическое отделение/Кабинет функциональной диагностики
• Отделение реанимации и интенсивной терапии
• Клинико-диагностическая лаборатория
• Центральное стерилизационное отделение
• НККДЛ
• Кабинет экстракорпоральной гемокоррекции и фотогемотерапии

• Канцелярия;
• Отдел по мобилизационной работе и ГО;
• Финансово-экономическое управление;
• Бухгалтерия.

• Административно хозяйственное управление;
• Контрактная служба;
• Управление мониторинга, анализа и информационных технологий:

• Отдел эксплуатации технической инфраструктуры, обеспечения связью и информационной безопасности;
• Отдел информационных систем;
• Группа мониторинга высокотехнологической медицинской помощи;
• Отдел медицинской кибернетики и баз данных;

• Юридический отдел;
• Отдел кадров.